РусскийUrmează o perioadă de reorganizări în cadrul Universităţii de Stat din Moldova şi a Facultăţii de Biologie şi Pedologie. Prin ordinul rectorului nr. 158 din 7 iulie 2000, „avându-se în vedere cerinţele actuale de renovări formative şi curriculare, necesitatea înlesnirii conlucrării metodico-ştiinţifice a specialiştilor universitari în direcţia modernizării procesului de învăţământ, a perfecţionării nivelului de instruire a cadrelor şi în conformitate cu hotărârea Senatului din 29 iunie 2000”, Facultatea de Biologie a fost reorganizată. Astfel, a fost creată Catedra „Ştiinţe ale Solului şi Ecologie”, în baza comasării Catedrei „Pedologie” şi a Catedrei „Botanică şi Ecologie”. Şef de catedră a fost numit Vasile Şalaru, doctor habilitat în biologie, profesor universitar, membru-corespondent al AŞM.
Catedra era responsabilă de specialităţile „Pedologie şi agrochimie”, „Botanică” şi „Ecologie”. Aceste specialităţi au fost acreditate în cadrul procesului de acreditare academică a Universităţii de Stat din Moldova de către Guvernul Republicii Moldova (prima de acest fel în învăţământul superior din ţară), certificatul nr. 001 din 22 februarie 2001, cu reacreditare la 28 septembrie 2006.
Prin ordinul rectorului nr. 197 din 16 iulie 2003, în legătură cu necesitatea perfecţionării activităţii didactico-ştiinţifice şi instructiv-metodice şi ţinându-se seama de prevederile pct. 3.5 din Statutul Universităţii de Stat din Moldova, au fost reorganizate facultăţile de Ştiinţe Economice şi Aplicative, de Fizică, de Biologie şi Pedologie. Ca urmare a reorganizării catedrelor „Ştiinţe ale Solului şi Ecologie” şi „Ştiinţe Aplicative”, în cadrul Facultăţii de Biologie şi Pedologie, au fost create Catedra „Ecologie, Botanică şi Silvicultură” (şef de catedră – Vasile Şalaru, prof., dr. hab., m.c. al AŞM) şi Catedra „Ştiinţe ale Solului, Geologie şi Geografie” (şef de catedră – Mihai Coşcodan, conf., dr., numit prin ordinul rectorului nr. 107 din 2 septembrie 2003), care au activat în această formulă până în anul 2013.
Catedra asigura procesul de studii la 3 specialităţi de la ciclul I, licenţă („Ştiinţe ale Solului”, „Geologie” şi „Geografie”) şi la 2 programe de Master de la ciclul II („Ştiinţe ale mediului” şi „Geografia turismului”, iar o parte dintre cadrele didactice predau cursuri şi la alte specialităţi din cadrul Universităţii (Meteorologie, Ecologie, Silvicultură ş.a.).
În anul de studii 2003-2004 în cadrul Catedrei „Ecologie, Botanică şi Silvicultură” a fost deschisă o grupă academică la specialitatea „Silvicultură şi grădini publice”. Prima grupă de studenţi la această specialitate a fost înregistrată în anul 1993 (la secția cu frecvenţă redusă) la Institutul de Științe Reale afiliat Universităţii de Stat din Moldova. Printre cadrele didactice de silvicultori care predau la această specialitate se numărau dr. A. Palancean, dr. Petru Cuza și lect. Dionisie Boaghie. În 2006 studenții şi unele cadre didactice (P. Cuza, D. Boaghie, A. Chetrean) de la specialitatea „Silvicultură şi grădini publice” au fost transferați de la Institutul de Științe Reale la Facultatea de Biologie şi Pedologie a USM.
În mai 2005 Universitatea de Stat din Moldova aderă la Procesul de la Bologna şi la Convenţia de la Lisabona, prin urmare la specialităţile catedrei sunt înmatriculaţi primii studenţi cu o durată a studiilor universitare de licenţă de 3 ani.
În septembrie 2006, la aniversarea a 60 de ani de la fondarea Universităţii de Stat din Moldova, la catedra „Ştiinţe ale Solului, Geologie şi Geografie” activau: 2 doctori habilitaţi, profesori universitari (Petru Corduneanu, Grigore Stasiev); 10 doctori, conferenţiari universitari (Mihai Coşcodan, Eugen Bondarenko, Tudor Ceban, Lazăr Chirică, Valerian Ciobotaru, Ion Danilescu, Gheorghe Jigău, Iurie Moşoi, Tatiana Nagacevschi, Vitalie Sochircă); 1 lector superior (Veaceslav Bârdan); 3 lectori (Natalia Cozma, Sergiu Baciu, Marcel Revenco).
Cercetările ştiinţifice ale catedrei se efectuau în cadrul CCP „Pedolog” (1996-1999, şef – prof., dr. hab. V. Grati): solurile, geneza, proprietăţile fizice, chimice şi utilizarea lor; CCP „Agrochimie” (1996-2005, şef – prof., dr. hab. P. Corduneanu): îngrăşămintele, producerea, aplicarea, acţiunea asupra solului, recoltelor şi calităţii producţiei şi LCŞ ”Procese pedogenetice” (1996-prezent, şef – conf., dr. Gh. Jigău). Catedra dispunea de o solidă bază materială, inclusiv de laboratoare dotate pentru asigurarea procesului de instruire şi de cercetare. Ca material didactic ilustrativ în procesul de predare a disciplinelor de specialitate se utilizau şi exponatele, colecţiile sistematizate de minerale şi roci, reconstrucţiile paleogeografice, profilurile de soluri etc., din fondurile Muzeului de Ştiinţe ale Naturii din cadrul USM